A história da fundação da Sociedade Esportiva Santa Maria começou nos campos de futebol amador. Na cidade recém criada pelo então governador Joaquim Roriz, o futebol surgiu como uma das atividades de lazer mais populares nos campos de terra.

Entre os times que disputariam os campeonatos amadores estava o Grêmio Esportivo Nova Cidade criado por Erivaldo Alves. Amante do esporte, tentou seguir carreira de jogador mas acabou mostrando seu melhor talento na administração da Liga Amadora da Cidade de Santa Maria. Ao lado de Eraldo Cabral, foi o responsável por regularizar a situação da Liga e organizar os campeonatos amadores que existem até hoje.

Em 1997 a Federação Brasiliense de Futebol então presidida por Weber Magalhães decidiu criar uma competição seletiva com quatro equipes onde o campeão seria promovido à segunda divisão do Campeonato Candango. Foi criada então a Seleção Amadora de Santa Maria com os melhores jogadores amadores da cidade. O time disputou a vaga com o Esperança Samambaia, o Bosque Formosa e um terceiro. O Formosa acabou sendo o campeão e o Santa Maria não conseguiu o objetivo.

Em 2000 porém a Federação Brasiliense permitiu o registro de novos clubes de futebol. Com o apoio de lideranças comunitárias e da Liga de Futebol da cidade, Erivaldo foi à luta e juntou toda a documentação para registrar o novo clube. Assim ao lado de ARUC e Brasiliense (que adquiriu o Atlântida de Taguatinga), nasceu no dia 27 de maio daquele ano a Sociedade Esportiva Santa Maria (cujo nome foi inspirado no de outra Sociedade Esportiva, a do Gama).

O primeiro escudo da Sociedade Esportiva Santa Maria tinha em suas cores uma homenagem ao partido do então governador Joaquim Roriz (Partido Progressista). Era simbolizado por uma pomba branca pousada sobre uma bola. No entanto a primeira participação no Campeonato Candango só viria no ano seguinte. Na disputa do Campeonato Candango de 2001, o Santa Maria estrearia no dia 11 de Agosto diante do Luziânia-GO que havia sido rebaixado naquela temporada. O placar terminou empatado em 1×1.

Com todas as dificuldades de um time recém criado, o Santa Maria foi mal e terminou na sexta posição de seu grupo. Em 2002 o Santa Maria fez uma parceria com o Gama para utilizar o seu time de juniores pentacampeão local na segunda divisão. O time até foi para o Hexagonal Final mas acabou eliminado. Em 2003 viria a pior campanha de todos os tempos: oito jogos, oito derrotas, seis gols marcados e trinta e quatro sofridos.

Gama x Santa Maria no Candangão de 2005

A sorte do Santa Maria começou a mudar com a chegada de uma comissão técnica de peso advinda do Paranoá. Roberval de Paula (Diretor de Futebol), Mozair Barbosa (Treinador) e Altair Siqueira (Preparador Físico) foram os responsáveis por uma intensa reformulação no Santa Maria. entre as mudanças estavam as cores (Cinza e Grená) e um novo escudo com uma pomba sobrevoando um estádio. Mas o escudo não agradou e tomou a forma da Águia segurando a bola que se mantém até os dias de hoje.

Com o trio o Santa Maria fez grande campanha em 2004 e conquistou o vice-campeonato e o tão sonhado acesso à primeira divisão. Mas em 2005 a história não se repetiria. O time brigou contra o rebaixamento até a última rodada mas acabou sucumbindo após uma derrota fora de casa contra o Guará. Em 2006 novo rebaixamento desta vez para a terceira divisão candanga.

O baque foi duro, mas seus dirigentes nunca deixaram de acreditar em dias melhores. Em 2007 o Santa Maria lutou e conquistou seu primeiro título de sua história: Campeão da Terceira Divisão. De 2008 a 2012 o time perambulou pela segunda divisão e não conquistou o acesso.

Em 2013 o time voltou a fazer uma parceria com o Gama para utilização de jogadores e centro de treinamento do Periquito. Com a participação de uma grande comissão técnica formada por Reinaldo Gueldini, Marquinhos Bahia e todo o Staff do Gama, o Santa Maria foi determinado a reconquistar o acesso à primeira divisão. O time foi uma das sensações do campeonato e conquistou o acesso mas não o título (que ficou com o Formosa).

Time vice campeão candango da segunda divisão de 2013

Na primeira divisão desde então a meta sempre foi a de se manter na elite candanga. O objetivo foi mantido. Agora é a hora da Águia dar vôos mais altos. Sua torcida e sua comunidade esperam muito deste time que é o orgulho de uma cidade!